Il nome Honolulu significa "baia riparata", ed è il nome di un villaggio presso uno dei porti naturali delle isole Hawaiane.
La popolazione prima del contatto moderno non utilizzava porti, dato che le canoe si arenavano semplicemente sulle spiagge, ma dopo il contatto le Hawaii furono utilizzate dall'industria della pesca con il sandalo e con la baleniera, a cui conveniva ancorarsi in porti sicuri, fra cui Honolulu. Il porto naturale è dovuto alla mancanza di coralli alla foce del fiume Nu'uanu, ma è stato ampiamente ristrutturato negli anni.
Nel 1804 il re delle isole Hawaiiane, Kamehameha (1810-1819), iniziatore dell'omonima dinastia, portò la capitale a Waikiki (oggi parte di Honolulu), e nel 1809 a Honolulu.
La dinastia terminò nel 1895, insieme al regno delle Hawaii, quando l'ultima sovrana Liliuokalani dovette lasciare il trono per la costituzione della Repubblica delle Hawaii, tre anni dopo annessa agli Stati Uniti.
Durante la seconda guerra mondiale, il 7 dicembre 1941, ci fu l'Attacco di Pearl Harbor, per effetto del quale il Giappone e gli Stati Uniti entrarono in guerra fra loro e contro i rispettivi alleati. Oggi Honolulu è una destinazione turistica, capace di attirare milioni di visitatori all'anno.